グッピーの繁殖をしているとたくさんに殖えたグッピーの中に、より好みに合う色模様をした個体が育ってくることがあり、こうした色模様はぜひとも次の世代に残したいものです。方法としては繁殖用の水槽には気に入ったオスを一匹だけ入れて、次にできるだけ多くの健康なメスを一緒にしておきます。メスは尾びれに模様がなく、十分に丸みのある体型をしたものが繁殖に適しています。尾びれが大きかったり、体がスマートなメスは避けます。
遺伝には優性遺伝と劣性遺伝があります。これはペアとなった遺伝子のうち、どちらの特徴が発現するかということです。美しい色彩や優れた特徴が優性遺伝である場合は問題ありませんが、得てして優れた素質は劣性遺伝であることも多いものです。この場合、産まれた子は全て親とは似ても似つかないグッピーばかりになってしまいますが、落胆する必要は全くありません。劣性遺伝は孫の代で発現するからです。産まれた子同士で掛け合わせると、少ないながらも祖父に近い色模様のグッピーが現れてくるでしょう。これを繰り返すことで、好みの色模様を固定していきます。